De herfstperiode leent zich er goed voor om de fertigatieleidingen door te spoelen met salpeterzuur. Dit om de eventuele vuiligheid door mineralen los te maken en uit de leidingen te spoelen. Daarna kunnen de pomp en eventuele bovengrondse leidingen worden afgetapt.
Voor een jaarlijkse reiniging is het spoelen van de slangen met een 0,5% salpeterzuuroplossing meestal afdoende. Enkel bij zeer zware vervuiling kan het zinvol zijn de dosering te verhogen tot maximaal 3%. De stappen van het reinigen zijn allereerst het systeem 15 minuten doorspoelen met schoon water, bij voorkeur met de einddoppen open om grove vervuiling weg te spoelen. Vervolgens, na het sluiten van de einddoppen, zuuroplossing meegeven bij alle blokken totdat er ook bij de laatste druppelaar water met zuur uitkomt, meestal is een 10-15 minuten druppelen een goede richttijd. Deze zuuroplossing bij voorkeur 12 uur in het systeem laten staan en eventueel tussentijds nog eens naspoelen met verse zuuroplossing. Na 12 uur het systeem een half uur doorspoelen met schoon water.
Reken per hectare met 15 liter salpeterzuur voor een 0,5% dosering. Vul de bak met minimaal 100 liter water of gelijk aan de benodigde liters salpeterzuur, giet daar vervolgens de benodigde hoeveelheid salpeterzuur bij.
Bij gebruik van een Dosatron de instelling op 1% zetten.