De eerder genoemde lastige onkruiden, zoals zomerpostelein en Kleine majer, komen we soms ook tegen in groenbemesters. In de meeste gevallen is het niet te bestrijden. Zomerpostelein is in Japanse haver wel te bestrijden met 99 ml Primus/ha. In Soedangras is het echter niet mogelijk om Primus in te zetten omdat het veel groeiremming veroorzaakt.
Hoe hiermee om te gaan, hangt sterk af van het doel van de groenbemester en wanneer de grond weer voor andere teelten in gebruik wordt genomen. Is er teveel onkruid aanwezig, dan is het raadzaam om de groenbemester te klepelen en daarmee te voorkomen dat het onkruid zich nog meer gaat vermeerderen. Dan kan eventueel worden gekozen om nog een groenbemester opnieuw te zaaien. Anders kan de grond leeg worden gelaten en klaar worden gelegd om in het najaar nog te zaaien of te planten.