De aanwezige bicarbonaat in het water kunnen we weg bufferen met zuur. Hierbij heeft het sterk de voorkeur dat iedere liter water die de leidingen in gaat continu aangezuurd wordt. Het heeft de voorkeur om de leidingen vrij van aanslag te houden in plaats van dat je aan het einde van het seizoen de leidingen sterk moeten reinigen.
De meest gangbare optie is het gebruik van salpeterzuur, waarmee tevens wat stikstof gegeven wordt. In sommige situaties kiezen we echter voor zwavelzuur, met name als het bicarbonaatgehalte richting 5-6 mmol/l of hoger gaat. In die situaties kan het voorkomen dat er teveel stikstof wordt meegeven als je salpeterzuur combineert met ons bemestingsschema. Zwavelzuur is dan een goedkope optie zonder stikstofinbreng. Zwavelzuur is echter een gevaarlijk zuur en mag enkel toegepast worden in fertigatiesystemen met een automatische zuurregeling. Giet nooit zwavelzuur vanuit een jerrycan in de meststofbak!
Bij reinigen gaan we de leidingen vol zetten met een sterk zure oplossing van 2-3% salpeterzuur, die we na een aantal uren doorspoelen. Hierbij moeten alle eindkranen openstaan, anders kan de losgeweekte vervuiling alsnog de druppelaars verstoppen.
Organische en microbiële vervuilingen kunnen we niet oplossen met zuur. Om dergelijke vervuiling te voorkomen kunnen we gebruikmaken van producten die een gestabiliseerde waterstofperoxide bevatten, zoals EasyFlow, Huwa-san en gelijkewaardige producten. Deze producten voorkomen aanslag en slijmvorming indien continu een kleine hoeveelheid meegegeven wordt. Het continu meegeven vergt echter een aparte injectiepomp voor een gegarandeerde werking. In contact met zuurstof breekt de waterstofperoxide namelijk snel af. Een andere optie is om twee keer per seizoen een wat hogere dosering waterstofperoxide solo mee te fertigeren om het systeem te reinigen. Om het systeem te reinigen is ook het gebruik van een chloorbleekloog als Hyperclean één of twee keer per jaar een effectieve en snelle methode. In de fruitteelt is organische vervuiling over het algemeen nog geen heel groot onderwerp vanwege de buitenteelt. In de glastuinbouw speelt dit onderwerp vanwege de warme vochtige omstandigheden in de kas duidelijk sterker. In de buitenteelt kan de mate van organische vervuiling per seizoen dan ook verschillen.